Halliste kirik oli esimene taasiseseisvunud Eestis pühitsetud kirik. Ajaloost on teada, kirik on asunus samas asukohas alates XV sajandist. Kirik on korduvalt hävinud tulekahjudes. Keskaegne kirik hävis arvatavasti 17. sajandi alguse Poola-Rootsi sõdades. Uuesti üles ehitatud hoone purustati Põhjasõjas ning taastati 18. sajandi keskpaigaks. 1863 süütas kiriku pikselöök, põlengu tagajärel kirik hävis, säilis ainult käärkamber. 1864.–67. aastate rekonstrueerimisega sai kirik oma praeguse kuju. 1959 põles kirik uuesti, 30 aastat seisis ta varemeis, 1989–91 taastati kirikuõpetaja Kalev Raave eestvedamisel.
Kirikus püüab pilku Jüri Arraku altarimaal “Kristus” (1990). Ka on kirikul pühakodades harvaesinev musta värvi lagi
Kirikut kasutab EELK Halliste Püha Anna kogudus, seal toimuvad kontserdid ja esinemised Halliste kirik hääletati rahvahääletusel Eesti 100 aarde nimistusse.
Kiriku lähedal asub Halliste kalmistu. Huviväärne on, et Mulgi peremeeste hauakividele on erinevalt muudest Eesti aladest alati kirjutatud ka talukoha nimi.