Esmakordselt on Malla mõisa kroonikates mainitud 1443. aastal. Mõis oli keskajal välja ehitatud vasallilinnuse ehk kindlustatud mõisahoonena. Esinduslikum kahekorruseline barokkpalee ehitati 17. sajandil, kuid see purustati Põhjasõja käigus. 1770-datel küll hoone taastati, kuid langes sadakond aastat hiljem tuleroaks. Täna meile näha olev kivist häärber valmis 1883. aastal. Aastate jooksul oli mõisal mitmeid omanikke.
Pärast mõisate võõrandamist tegutses mõisas kuni 1965. aastani kool, hiljem kuulus mõisamaja Eesti kalatööstuse tootmiskoondisele Ookean. Mingil ajal oli see ka Kunda tsemenditehase valduses .
1999.aastal läks kunagine 50-toaline aadlikumõis eravaldusesse ja omanik alustas ka kohe restaureerimisega.
Rohkem tähelepanu pälvis mõis, kui 2014. aastal ostis selle soomlane Risto Pietilä. 2018. aastal puhkes majas ootamatult tulekahju ja varemetes on hoone tänaseni.
2024. aasta suvel pani uus eestlasest omnik varemetes mõisa koos ca 50 ha maaga taas müüki, tuues välja ka, et lähiajal tõenäoliselt alustatakse mõisa naabruses uue tuumajaama rajamist.
Kuidas soomlane Risto Pietilä mõisa ostuga oma nime rahanduse ajalukku kirjutas, millised olid tema äriplaanid ja miks tema äri ikkagi hääbus, sellest saad siit varsti lugeda.