Kübassaare esimene puidust tulepaak püstitati 1915. aastal. 1923. aastal süttis see pikselöögist põlema.
1924. aastal ehitati uus laternaruumi ja rõduga 18 meetri kõrgune raudbetoontorn, mis on kasutuses tänapäevani. Kübassaare tuletorn ei ole kultuurimälestis. 2016. aastal torn renoveeriti, eelmine põhjalikum remont jäi aastasse 1939.
1941. aasta sügisel toimus siin sakslaste ebaõnnestunud õhudessantoperatsioon. Sakslaste eesmärk oli ootamatu rünnakuga vallutada Väikese väina lõunaotsas asuv venelaste Kübassaare patarei ja suurtükid lõhkelaengutega õhata. Segas ju patarei Väikese väina ületamist. Tegu oli ainsaks jäänud õhudessantoperatsiooniga Eestis.